L'odierno fondo bibliotecario del Collegio proviene dalla biblioteca costituita nel 1833, anno della fondazione del Collegio.

Ereditava allora un fondo già cospicuo di edizioni antiche delle Scuole Pubbliche, che i Barnabiti avevano aperto in Lodi dal 1630 a San Giovanni alle Vigne, trasformato, dopo la soppressione napoleonica del 1810, in Pubblico Ginnasio (1818).
Tale eredità fu resa possibile dal Padre Luigi Guanzati (1757-1836), ultimo Superiore del San Giovanni alle Vigne, Vice Direttore (1826) dell’Imperial Ginnasio, eletto primo Rettore nel 1833 del nuovo Collegio San Francesco.
Nel corso degli anni successivi si è arricchita di nuove opere di notevole importanza, grazie al trasferimento a Lodi (1884) di parte della collezione libraria del Collegio di Santa Maria degli Angeli in Monza, diretto dai Padri Barnabiti dal 1830 al 1873 e abbandonato definitivamente nel 1888.

Appartengono a questi due fondi originari:

-  dodici eleganti esemplari di opere latine dette aldine, che vanno dal 1558 al 1591, uscite dalla tipografia di Venezia, in cui lavorarono Aldo Manuzio (1450-1516) inventore dei caratteri corsivi aldini, il figlio Paolo (1513-1574) e il nipote Aldo Manuzio il Giovane (1547-1597);
-  sette bodoniane, che vanno dal 1782 al 1798, di Giambattista Bodoni (1740-1813) di Saluzzo (Cuneo), rinomato maestro dell’arte tipografica, vissuto a Parma, sua seconda patria, dove diresse la Stamperia Reale. Creatore dei caratteri a stampa, che da lui presero il nome, pubblicò raffinate edizioni di opere di autori classici;
-  ventinove cominiane, che vanno dal 1718 al 1794, di Giuseppe Comino (†1762). Questi fondò a Padova nel 1717 l’apprezzata Tipografia Cominiana, che pubblicava le edizioni di testi classici molto curati fino al 1782, continuata successivamente dal figlio Angelo (†1814);
-  dieci voluminosi tomi de Le famiglie celebri d’Italia del Conte Pompeo Litta (1781-1852) di Orio (Lodi), opera pubblicata a Milano dall’Editore Giusti a partire dal 1819. E’ corredata di ritratti e stemmi gentilizi a colori.
 
Il patrimonio bibliografico ha avuto incremento da generose donazioni private.

A titolo di esemplificazione si citano:
-  Quella del Marchese Vincenzo Stanga (1821-1887), che nel 1848 offrì ai Barnabiti lire tremila per l’acquisto de La Patrologia latina in 145 volumi pubblicati a Parigi dal 1844 al 1853, di Jacques Paul Migne (1800-1875), ecclesiastico francese, che ideò la sistematica pubblicazione dei classici della tradizione cattolica.
-  L’ex-Convittore del Collegio Torquato Sassi nel 1856 fece dono alla biblioteca de Le Antichità italiane del Medioevo in sei volumi di Ludovico Antonio Muratori (1672-1750), opera pubblicata a Milano dal 1738 al 1742 dall’Editrice Palatina.
-  Dopo il decesso del fratello Don Giuseppe parroco di Lodivecchio (Lodi), la signora Eufrasia Longhi regalò nel 1859 mille e settecento volumi di vario argomento e dimensioni.
-  Una magnifica edizione de La Divina Commedia di Dante Alighieri (1265-1321) in tre tomi, con commento inedito di Stefano Talice da Ricaldone, pubblicata a Milano nel 1888 da Ulrico Hoepli, fu donata nel 1891 da Giosuè Galuzzi ex-Convittore del Collegio.
 
I Padri Barnabiti con tenacia promossero nel tempo l’accrescimento del fondo librario con nuove acquisizioni:

-  nel 1852 il Dizionario di erudizione storico-ecclesiastico  in cento tre volumi e sei di Indici di Gaetano Romano Moroni (1802-1883), pubblicato dal 1860 al 1879 dalla Tipografia Emiliana in Venezia;
-  il Dictionnaire des antiquités grecques et romaines nel 1930, in nove volumi e uno di Indici, di Daremberg e Saglio, edito dal 1926 al 1929 a Parigi da Hachette;
-  nel 1950 il Dictionnaire d’Archéologie Chrétienne et de Liturgie in quindici volumi, di Cabrol e Leclercq, uscito a Parigi dalla Libraire Letouzey et Ané dal 1924 al 1950.
 
Una quarantina sono le Enciclopedie consultabili tra cui spiccano quella di Diderot e D’Alambert in trenta volumi, pubblicata a Livorno nel 1770 e la famosa Treccani iniziata nel 1929 e aggiornata fino ad oggi.

Di indubbio interesse per gli appassionati di classici greci e latini è la collana Les belles lettres, iniziata a Parigi nel 1922 e ancora in corso, dopo circa 800 volumi pubblicati.

Recenti acquisti hanno impreziosito la biblioteca del Codice Atlantico in tre ponderosi volumi (dieci chilogrammi cadauno) di Leonardo da Vinci (1452-1519), pubblicati nel 1991 da Edizioni d’Arte di Monterotondo-Roma e della Bibbia di Borso D’Este (1413-1471), capolavoro della miniatura del Rinascimento, in due tomi di 1212 pagine complessive e due volumi di Commentario, pubblicata a Modena nel 1997 da Franco Cosimo Panini. Realizzazione facsimilare integrale e nelle dimensioni conformi all’originale conservato a Modena nella Biblioteca Estense. Inoltre si segnala La storia d’Italia del XX secolo in quindici volumi e trentatre videocassette, pubblicata da Editalia Istituto Poligrafico e Zecca dello Stato – Roma, completata nel 1999.
 
La biblioteca conserva rarità da bibliofili.

Non è possibile accennare in questa sede a tutte le rarità di notevole peculiarità ma si devono citare:
-  un Antifonale parvum, manoscritto in caratteri gotici su pergamena della fine del ‘400;
-  due manoscritti De officiis libri tres e De somnio Scipionis di Marco Tullio Cicerone (106-43 a.C.), realizzati su pergamena a Foligno (Perugia) nel 1449;
-  La Patria Historia, prima storia di Milano dalle origini fino al 1499, commissionata da Ludovico il Moro (1452-1508) a Bernardino Corio (1459-1512), edita a Milano da Alessandro Minuziano nel 1503;  
-  un Elenco dei medici e dei notai della città di Lodi manoscritto in lingua latina del 1571.
 
Sono conservati separatamente nella biblioteca fondi speciali:

1/ Il primo intitolato a Luigi Cremascoli (1921-1992), studioso di storia e di arte lodigiane, dal 1952 direttore della Biblioteca Comunale Laudense, del Museo Civico e dell’Archivio Storico Lodigiano. Nel 1957 si trasferì negli USA, dove insegnò storia dell’architettura italiana presso l’Università di Newark.
Il fondo consta di quattro manoscritti di argomento differente, 68 libri a stampa (il più antico è del 1482, 27 sono del XVI secolo, 16 del XVII, 14 del XVIII e 10 del XIX).
Tra essi spiccano: la seconda edizione di un trattato di botanica attribuito a Emilio Macero De usibus herbarum, stampato a Milano da Antonio Zaroto nel 1482; la prima edizione del trattato di architettura di Jacopo Barozzi da Vignola  (1507-1573) Regola delli cinque ordini dell’architettura, pubblicato a Roma nel 1562 senza indicazione dello stampatore; la prima edizione di Dante  Esposizione di Bernardino Daniello da Lucca (†1565 a Padova) sopra la Commedia, stampata postuma a Venezia nel 1568 da Pietro Fino; le prime edizioni de Il Mattino e Il Mezzogiorno di Giuseppe Parini (1729-1799), stampate a Milano, la prima nel 1763 da Antonio Agnelli, la seconda sempre a Milano da Giuseppe Galeazzi nel 1765.
Integrano questo fondo vari volumi di arte e di architettura, che la moglie del Prof. Cremascoli ha inviato dagli Stati Uniti.

2/ l secondo fondo speciale è registrato a nome di Angelo Squintani, notaio di Lodi, ex-allievo del Collegio San Francesco dal 1960 al 1969. Nel 1995 ha donato alla biblioteca la propria raccolta completa di leggi dello Stato italiano, inerenti il periodo intercorso tra l’Unità d’Italia e il 1991.
 
3/ Il terzo è il fondo Musicale. Comprende ventimila spartiti tra manoscritti ed edizioni a stampa di composizioni di musica sacra e profana tra Ottocento e Novecento, inoltre adattamenti di opere liriche effettuate dal Maestro Giovanni Rota e del figlio Ernesto (1847-1933), che ne curavano la rappresentazione in teatro.
Tra gli insegnanti di musica al Collegio San Francesco si segnala Giacomo Perosi, zio del celebre Lorenzo (1872-1956), che era di Lodi Vecchio (Lodi).
 
I tre fondi speciali sono consultabili su richiesta.
 
In una dépendance staccata dalla biblioteca è approntata l’Emeroteca, che raccoglie 159 riviste e periodici estinti, pubblicati dal 1828 al 2003 e 16 correnti,  tra cui la Civiltà Cattolica dal 1850 (anno di fondazione) ad oggi.
 
Attualmente il patrimonio bibliografico complessivo risulta costituito da circa cinquantamila volumi, collocati dal 1962 in una nuova ampia sede di 367 metri quadrati, con fine gusto artistico, da Padre Domenico Frigerio (1915-2005) e distribuiti in tre settori.

- Antico: delle edizioni del ‘500 (416), del ‘600 (385), del ‘700 (1660), dell’800 (17000) prevalentemente a connotazione umanistica.
- Moderno: delle pubblicazioni a partire dal ‘900 ad oggi (30000) in specie umanistiche, ma anche scientifiche, tra cui l’Enciclopedia della Scienza e della Tecnica (EST) in dieci volumi e 24 Annuari (dal 1968 al 1992), pubblicati da Arnoldo Mondatori a Milano dal 1963 al 1966; l’Enciclopedia della Chimica in sei volumi, edita a Milano nel 1976-77 dall’Istituto Editoriale Internazionale (ISEDI); l’Enciclopedia della Fisica in due grossi volumi, stampati a Milano nel 1976 da ISEDI.
- Barnabitico: delle opere (ca 1700) di scrittori appartenenti all’Ordine dei Padri Barnabiti, tra cui Memorie dell’origine, fondazione, avanzamenti, successi ed uomini illustri in lettere e santità dei Chierici Regolari di San Paolo, chiamati volgarmente Barnabiti del primo storico dell’Ordine Padre Francesco Luigi Barelli di Nizza (1654-1726) in due tomi, pubblicati a Bologna dal 1703 al 1707 dall’editore Costantino Pisarri; Storia della Congregazione dei Chierici Regolari di San Paolo (Barnabiti) dalle origini (1530) all’inizio del secolo XVII (1617) di Padre Giovanni Antonio Gabuzio (1551-1621) in 4 libri in lingua latina, edizione postuma del 1852 uscita dalla tipografia di Giuseppe Salviucci in Roma; Biblioteca Barnabitica Illustrata – Biografie, Bibliografie, Iconografie del bibliofilo Padre Giuseppe Boffito (1869-1944) in quattro volumi, editi a Firenze dal 1933 al 1937 da Leo S. Olschki.